Действие игры происходит почти за 4000 лет до событий, описанных в фильмах. Игра начинается на корабле «Шпиль Эндара», атакованном флотом ситхов около планеты Тарис. Игрок и один из пилотов, Карт Онаси, спускаются на Тарис в спасательной капсуле. Их первоочередная цель — найти джедая Бастилу Шан, которая командовала их кораблём. Она обладает редким даром боевой медитации, благодаря которому Республике удавалось до сих пор сдерживать натиск ситхов. Годом ранее с помощью Бастилы джедаи попытались захватить тёмного владыку ситхов Дарта Ревана, но во время абордажа его ученик Дарт Малак открыл огонь по кораблю учителя, и тем самым захватил власть. С тех пор Малак беспрестанно охотится на Бастилу, желая либо уничтожить её, либо использовать её способности в своих целях.

Игра стартует спустя примерно пять лет после окончания событий, описанных в прошлой игре, и главными персонажами игры становятся новые, ранее неизвестные личности.

Из персонажей, присоединяющихся к главному герою в начале игры можно выделить Крею, которая будет наставником главного героя, и Аттона Рэнда — пилота космического корабля. В игре есть несколько персонажей, упоминающихся в прошлой части, и некоторые из них могут присоединиться к группе игрока. Новые планеты, которые может посетить персонаж включают восстанавливаемый Тилос, планету Ондерон, луну, сплошь обросшую джунглями Дксун и астероид Перагус, с которого, собственно, и начинается игра. Коррибан и Дантуин, которые были в первой части, также доступны. Чёрный Ястреб, корабль, на котором главный герой прошлой игры летал с планеты на планету, снова станет основным транспортом.

Игроку предстоит управлять Изгнанником/Изгнанницей, джедаем, лишившимся связи с силой в связи с своими грехами во времена Мандалорских войн. В результате гражданской войны джедаев и возвышения триумвирата ситхов, главный герой считается единственным, последним настоящим джедаем, способным спасти Республику и уничтожить ситхов. Игрок может либо выполнить это предназначение, либо уничтожить выживших джедаев и триумвират ситхов, дабы достичь вершин мастерства тёмной стороны силы.