Как и множество других RTS, Age of Mythology базируется на возведении городов, использовании ресурсов, создании армий и уничтожении вражеских армий и городов. Игрок должен провести своё племя через несколько «эпох»: архаическую, классическую, героическую и мифическую эпохи. Для перехода в каждую новую эпоху необходимо заплатить некоторое количество ресурсов в главном здании — городском центре. С переходом в следующую эпоху открываются новые боевые единицы и строения.
В Age of Mythology три доступных для игры фракции: греки, египтяне и скандинавы. У каждой нации в игре есть три «главных» бога (Зевс, Посейдон и Аид у греков; Ра, Исида и Сет у египтян; Тор, Один и Локи у скандинавов) и по девять второстепенных. Главного бога игрок выбирает перед началом партии, второстепенные же выбираются при переходе из одной эпохи в другую. Каждый бог даёт игроку возможность изучить какое-либо усовершенствование для его зданий или юнитов, а также возможность нанимать мифических существ и использовать «божественную силу», которая может быть направлена на помощь игроку либо же на вред его противнику.