История игры следует за бывшим бойцом спецназа Джеком Карвером, который находится на таинственном островном архипелаге. Джек ищет журналистку, которая пропала без вести после атаки наёмников на его лодку. Игра включает тематические элементы, касающиеся опасностей генной инженерии, а также геноцид местных островитян, который показывается на основе мутантов, созданных безумным учёным.

Уже несколько месяцев, как у народа нет правительства. Пожар гражданской войны, раздутой пустыми обещаниями алмазного богатства и такой же пустой идеологией, превратил страну в пепелище. Оставшись без средств из-за банкротства своих работодателей, сотни иностранных наемников пытаются самостоятельно извлечь выгоду из чужого несчастья. Местные воины, в спешке бегства брошенные своими командирами, при помощи оружия очищают земли от мирных жителей и их жилищ. Из хаоса родились две группировки: Объединённый Фронт Освобождения и Труда (ОФОТ) и Союз Народного Сопротивления (СНС). Вооружив банды уличной шпаны по совету самых отчаянных и хитрых наемников, группировки несколько месяцев сражаются друг с другом. Гражданские, не успевшие бежать, теперь таятся в укрытиях, в ужасе надеясь на спасение. Группировки получили невероятное количество оружия и боеприпасов, ранее сдерживаемых эмбарго Африканского союза. Подобное изобилие оружия для обеих сторон исходит от настоящей легенды незаконной торговли — загадочного человека по прозвищу Шакал. Ваше задание предельно просто — найти и ликвидировать Шакала.

Главный герой, Джейсон Броди, отправляется с друзьями в отпуск на необычайно красивый тропический остров Рук Айленд. После парашютного прыжка, приземлившись на одном из островов архипелага, они попадают в руки к местным пиратам под руководством Вааса — психопата, наркомана и садиста. Ночью, Грант - старший брат Джейсона, инициирует вместе с ним побег, используя свои армейские навыки и по ходу дела учит нескольким приемам бесшумного передвижения по вражеской территории. Однако побег заканчивается трагедией, и Грант умирает от рук Вааса, а в качестве насмешки дают Джейсону десять секунд на побег, при этом говоря, что - "Если не мы, то джунгли убьют тебя". Во время переправы через канатный мост, героя застигает врасплох боевой вертолет пиратов. Пулеметные выстрелы перерезают веревки: Джейсон падает в реку и теряет сознание. Его спасает глава местного сопротивления - Деннис Роджерс, который считает Джейсона воином, ибо тот единственный, кто смог сбежать из лагеря пиратов и остаться в живых. Набив парню его первую татау (местная традиционная татуировка воина) и быстро объяснив ситуацию, Деннис втягивает Джейсона в продолжительную войну повстанцев и пиратов за власть над островом, обещая помочь ему освободить остальных друзей. Дальше юному воину придется пройти нелегкий и длинный путь, от простого городского парня, который ни разу в жизни не стрелял в людей, до расчетливого и жестокого воина, который решит судьбу островов, окутанных тайнами и безумием.